Kantor Urusan Pegawai Kota Praja Yogyakarta  terbentuk pada tahun 1965 berdasarkan  Peraturan Daerah  Nomor 1 Tahun 1965 yang masih masuk kedalam Bagian Umum yang mengurusi kepegawaian dalam susunan administrasi pemerintah daerah Kotapraja Yogyakarta, lembaga ini mengurus bidang kepegawaian pada umumnya, perjalanan, serta pekerja harian atas dasar peraturan pemerintah dan peraturan perundang-undangan lainnya yang berlaku pada saat itu.

Pada tahun 2000, Badan Kepegawaian terbentuk yaitu dengan nama Badan Kepegawaian Daerah (BKD) sesuai Peraturan Daerah  No 33 Tahun 2000. Semula pengelolaan kepegawaian daerah dilaksanakan oleh Bagian Kepegawaian pada Sekretariat Daerah (Perda Nomor 1 Tahun 1993), namun karena dirasa beban kerja pengelolaan pegawai di daerah Kota Yogyakarta sangat berat dan luas, maka dibentuklah lembaga Badan Kepegawaian Daerah. Pada perda ini juga diatur mengenai susunan organisasi serta tata kerja BKD.

Tahun 2005 berdasarkan hasil evaluasi kelembagaan dilakukan penataan ulang terhadap struktur organisasi dan tata kerja  Badan Kepegawaian Daerah dengan Peraturan Daerah Nomor 21 Tahun 2005. Evaluasi kelembagaan tersebut dilakukan agar kualitas sumber daya aparatur  dapat didukung oleh manajemen yang lebih baik. Di tahun ini juga, BKD membuat pengaturan mengenai Pegawai Tidak Tetap di lingkungan pemerintah Kota Yogyakarta yang  ditetapkan dengan  Perwal Nomor 152 Tahun 2005. Adanya Pegawai Tidak Tetap (PTT) ini sangat diperlukan di lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta guna membantu melaksanakan tugas pemerintahan dalam jangka waktu tertentu.

Beranjak pada tahun 2007, pengelolaan kepegawaian sudah semakin baik dibuktikan dengan dibuatnya informasi database kepegawaian oleh Tim TIT (Teknoogi Informasi dan Telekomunikasi) meliputi pemasukan data, perbaikan data, validasi data, percetakan, dan pelaporan data pegawai maupun data pendukungnya yang tersimpan dalam database elektronik maupun secara manual. Informasi database ini juga menggunakan aplikasi sistem software yang seluruh fungsi kerjanya telah terintegrasi menggunakan sebuah sistem informasi elektronik yang diatur lewat Perwal Nomor 75 tahun 2007 yang bernama SIMPEG (Sistem Informasi Pegawai).

Di tahun yang sama Peraturan Walikota Yogyakarta  Nomor 23 tahun 2007 yang mendasari 3 unsur penilaian kinerja yang meliputi prestasi kinerja, perilaku, dan kedisiplinan untuk meningkatkan motivasi dan wujud pengakuan atas kinerja  pegawai di lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta diterbitkan.

Upaya peningkatan kualitas pegawai di lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta  terus dilakukan melalui pembenahan terhadap stuktur organisasi dan tata kerja BKD. Tahun 2016 BKD berubah menjadi BKPP (Badan Kepegawaian Pendidikan dan Pelatihan)  hal ini terjadi karena Perda Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kota Yogyakarta (Lembaran Daerah Kota Yogyakarta Tahun 2016 Nomor 5).  Dan  ditahun 2020 berdasar Peraturan Daerah Kota Yogyakarta No 4 Tahun 2020 menjadi BKPSDM (Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia).

Hingga saat ini di Tahun 2022, BKPSDM Kota Yogyakarta baru saja meloloskan formasi CPNS tahun 2021 lewat aplikasi SSCASN yang dimotori BKN Pusat Jakarta sebanyak 526 orang dan PPPK sebanyak 375 orang. Untuk BKPSDM sendiri bertambah 12 orang CPNS yang penyebutannya saat ini menjadi ASN.

Hal ini mengacu Undang-Undang Nomor 5 Tahun 2014 tentang ASN, seorang PNS merupakan Warga Negara Indonesia (WNI) yang memenuhi persyaratan, kemudian diangkat sebagai pegawai ASN secara tetap oleh Pegawai Pembina Kepegawaian (PPK) untuk menduduki jabatan pemerintahan. Sementara itu, PPPK diangkat berdasarkan perjanjian kerja untuk jangka waktu tertentu dalam rangka melaksanakan tugas pemerintahan. 

Perubahan Reformasi Birokrasi yang dilaksanakan Pemerintah Pusat terus memacu BKPSDM Kota Yogyakarta untu dapat beradaptasi secara cepat dan efisien. Salah satunya adalah perubahan Peraturan Pemerintah – PP Nomor 17 Tahun 2020 Tentang Perubahan Atas PP Nomor 11 Tahun 2017 Tentang Manajemen PNS (Pegawai Negeri Sipil), ditegaskan bahwa dalam hal pengembangan karier PNS dalam JF, Pejabat Fungsional berkedudukan dibawah dan bertanggung jawab secara langsung kepada pejabat pimpinan tinggi madya, pejabat pimpinan tinggi pratama, pejabat administrator, atau pejabat pengawas yang memiliki keterkaitan dengan pelaksanaan tugas JF, dan pengangkatan PNS dalam JF dilakukan melalui pengangkatan pertama, pengangkatan perpindahan, pengangkatan penyesuaian/inpassing, dan promosi.

Dengan adanya aturan ini jumlah pejabat fungsional di Pemerintah Kota Yogyakarta semakin meningkat, seiring kegiatan promosi, mutasi dan rotasi yang terus terjadi di Lingkungan Pemerintah Kota Yogyakarta hingga saat ini. Sejarah kiprah BKPSDM Kota Yogyakarta diharapkan semakin bersinar dimasa-masa yang akan datang.